И вот, после долгих мучений я понял, что не могу настроить..

[support]

В Windows дело быть не может, скорее всего Вы допустили ошибку в другом месте где в настройках.
Наличие в прайсе определяется * вот все что прогармма нашла со * то и посчитала в наличие. Более тонкую настройку попытайтесь сделать самостоятельно. Раздел в документации Настройка определения наличия товара

Мы рекомендуем ознакомиться Вам с данной информацией, которая поможет Вам.
https://elbuz.com/Recommendations-on-ho ... t-Importer