Есть такая мысль! Почему б не сделать пункт в экспорте, выгружать категории в которых есть товары.
Так как при большом количестве категорий сложно отследить активность всех категорий в которые попадает новый товар.
Допустим пользователь создал в Справочние свой каталог категорий, если категория пустая - она по умолчанию деактивирована, после добавления товара из прайс-листа поставщика в УС, не пустая категория становится по умолчанию активной. И сделать колонку Активности категорий в Навигационной панели.
Выгрузка категорий и товаров
А почему не использовать статус "Есть" при экспорте? У вас же товар в наличии с этим же статусом стоит?
При экспорте есть возможность выбора ограничений: Выгрузка определённых категорий, выгрузка товаров с различным статусом наличия и выгрузка данных только выбранных контрагентов.